Die Faktoren, die zu einer Colitis ulcerosa führen sind weitgehend unbekannt. In mehreren Untersuchungen wird die ursächliche Wirkung von körpereigenen Autoantikörpern beschrieben. Das sind vom Körper produzierte Abwehrstoffe, die primär gegen Nahrungsbestandteile oder Darmkeime gebildet werden, aber später auch die Oberflächenstruktur des Darmes schädigen. Psychische Faktoren dürften ebenso zum Krankheitsbild gehören und vor allem für den Verlauf bestimmend sein.

Für die Colitis ulcerosa ist seit langem ein hohes Entartungsrisiko bekannt, wobei die Häufigkeit von der Ausdehnung der Erkrankung und von der Verlaufsdauer abhängt. Die einzig relativ verlässliche Früherkennungsmaßnahme stellt eine routinemäßig durchgeführte Coloskopie dar.